Fondé au début du XIXe siècle à Lons-le-Saunier, le musée du Jura est un musée d'archéologie proposant également des collections paléontologiques et minéralogiques. Le site propose d'illustrer plus de 400 millions d'années d'histoire du Jura, de la formation de ses massifs aux activités humaines.
Au programme des lieux, des objets issus de fouilles archéologiques réalisées à proximité ou encore de donations privées, comme des collections d'histoire naturelle, des échantillons de roches ou de minéraux, ainsi le plus vieux dinosaure actuellement connu en France datant de - 210 millions d'années.
Des expositions thématiques temporaires sont également régulièrement proposées chaque année.