Vers-en-Montagne est un village très agréablement situé, bordé de forêts, qui domine la vallée de l'Angillon.
Vers-en-Montagne a un riche passé historique, d'une part par son château et les seigneurs qui l'occupèrent, et d'autre part par les hommes célèbres ou non qui résidèrent dans le village.
Son origine paraît très ancienne. Des vestiges, d'un diamètre de 50 mètres (la Motte de Malpas) sont visibles sur la commune et semblables à ceux appelés "camps de César" dans le Béarn. Cela laisse supposer que cet édifice remonte à une période des plus reculées de l'histoire.
En 1090, il est fait état de l'église de Vers dans une bulle du pape Urbain II.
Vers-en-Montagne après avoir fait partie de la seigneurie de Montrivel fut érigé en chef lieu d'une belle seigneurie qui comprenait les villages les plus proches. Du domaine seigneurial dépendaient un magnifique château dont il reste quelques vestiges. En 1382 Hugues de Chalon-Arlay achète cette seigneurie à Conrad, comte de Fribourg. Dès ce moment Vers eut les mêmes seigneurs que Nozeroy. Philiberte de Luxembourg, mère de Philibert de Chalon fit anoblir Louis Marchand son trésorier par Charles Quint en 1531.
On ignore à quelle époque le château fut construit. Il est écrit dans une déclaration de 1471 que "Louis de Chalon Arlay avait fait faire le maisonnement du chatel de Vers tout à neuf". Louis XI encore dauphin y fut reçu en 1456 avec de grands honneurs et y séjourna plusieurs jours. D'après une description de 1514, le château de Vers était une forteresse carrée ayant à ses angles extérieurs quatre tours saillantes, avec au centre un donjon dominant le tout. Un parc de 40 ha clos par une muraille entourait le château.
En 1639 les Français, semblent-ils commander par le marquis de Villeroy effectue le siège de la forteresse qui capitule en octobre. Le marquis incendie le village en août et le château après la capitulation.
En 1674 l'armée du duc de Montmorency-Luxembourg campe neuf jours dans le village et son séjour fut désastreux pour les habitants.
La peste fit des ravages en 1568 à Vers et les malades sont relégués dans le bois du Viralet.
Le 25 avril 1820 trente et une maisons sont détruites par un incendie.
Les familles : "de Vers, de Prudhomme, de Siffredy" fourniront des hommes de Loi, des Militaires, des hommes politiques à la Nation.
Autre homme illustre : Stephen Pichon, né en 1857 plusieurs fois ministre des affaires étrangères, ami de Clemenceau, disposera d'une résidence à Vers-en-Montagne de 1903 à sa mort en 1933. Il achète ce château à la famille De Prudhomme (aujourd'hui propriété de la famille Bousson). Stephen Pichon fut maire de la commune de 1904 à 1929, sénateur du Jura de 1906 à 1924, conseiller général de 1904 à 1922, président de ce conseil de 1917 à 1921. Stephen Pichon est ministre des affaires étrangères lors de la signature du traité de Versailles et sa signature figure sur le traité.
Bien que l'on ait dénombré des commerçants, des charrons, une scierie, des notaires, etc… ; la principale activité du village était l'agriculture jusqu'aux années 1960 où beaucoup d'habitants partent travailler dans les usines des bourgs environnants. La population passe de 325 habitants en 1975 à environ 217 aujourd'hui ; alors qu'en 1846 ils étaient 431 à vivre à Vers.